デフォルトのプロンプトが変わっていたり、エイリアスで設定しているコマンドが使えなくなっていたりしたので、以前のサーバの仕様にあった rbash 絡みかと思ったが、/bin/bash を読み込んでいる模様。
.bashrc が読み込まれていない様子だったので、.bash_profile を作成してみるとこちらは読み込んだ。
.bashrc を読み込んでもらうように .bash_profile に下記を記述したものを作成し、 root に配置して対応。
if [ -f ~/.bashrc ] ; then . ~/.bashrc fi